Søerne spiller en vigtig rolle for biodiversiteten og fungerer som levesteder for en lang række planter og dyr. Flere af de større søer har særlig betydning for fuglelivet og fungerer som vigtige yngle- og rasteområder for både lokale fuglearter og trækfugle.
Ølene, Svinemose, Bastemose og Hundsemyre er eksempler på større søområder, som har stor betydning for fuglelivet og rummer oplevelsesrige naturområder.
Små vandhuller med lavvandede områder er særlig vigtige som ynglesteder for frøer, tudser og salamandre.
Søernes udformning og naturtilstand varierer og afhænger blandt andet af de geologiske forhold, oplandets karakter og de omkringliggende arealer.
Mange søer på Bornholm har et højt næringsindhold, hvilket kan påvirke vandkvaliteten og den naturlige balance i søerne. I søer med et højt næringsindhold kan der være øget algevækst og mindre klart vand, hvilket påvirker levevilkårene for planter og dyr i og omkring søerne.

