Ved udledning af spildevand i havet tilføres vandet store mængder bakterier. Nogle bakterietyper, der optræder i spildevandet, kan være sygdomsfremkaldende.
I praksis er det ikke muligt at analysere badevandet for alle sygdomsfremkaldende bakterier. Kontrollen baseres derfor på såkaldte indikatorbakterier, dvs. bakterier der altid vil være til stede samtidig med eventuelle sygdomsfremkaldende bakterier.
Ved badevandskontrollen er bakterien Escherichia coli (i daglig tale E. coli eller colibakterie) udvalgt som indikator. Endvidere anvendes en gruppe bakterier, de såkaldte fækale enterokokker (også kaldet intestinale enterokokker) fra og med 2008 også som indikator.
Såfremt disse bakterier, der i øvrigt selv er uskadelige, påvises i større antal i badevandet, er der risiko for, at også sygdomsfremkaldende bakterier og vira kan være til stede.
De bakterier, der anvendes i kontrollen, er tilpasset livet i tarmkanalen på mennesker og andre varmblodede dyr, og kan ikke overleve i længere tid i havet. I løbet af få timer, afhængigt af bl.a. lys- og temperaturforholdene, dør hovedparten af bakterierne samtidig med, at der sker en stadig opblanding og fortynding af spildevandet. Koncentrationen af bakterier ved en badestrand er derfor bl.a. afhængig af afstanden til et spildevandsudløb, udløbets spildevandsmængde og bakteriekoncentration, vanddybden ved udløbet, strømretning og -hastighed og lys- og temperaturforhold.
Spildevandsmængde og bakteriekoncentration afhænger igen af bl.a. nedbørsforhold, mens strømretning og -hastighed afhænger af lufttryk og vindretning. Samspillet mellem disse mange variable faktorer medfører, at prøver udtaget på den samme station kan vise yderst forskellige resultater fra prøvetagning til prøvetagning. For at få et klart billede af badevandskvaliteten på de enkelte stationer, er det derfor nødvendigt med et betydeligt antal prøver fordelt over en eller flere sæsoner.