Forureningskilden kendes ikke på nuværende tidspunkt. Forhøjede niveauer af tarmbakterierne (E.coli og intestinale enterokokker) kan forekomme i forbindelse med kraftig nedbør, større mængder efterladenskaber fra fugle og dyreliv i området omkring havnebadet kombineret med begrænset vandudskiftning i havnebassinet eller andre miljømæssige faktorer.
Samtidig gør Bornholms Regionskommune opmærksom på, at der i øjeblikket forekommer opblomstring af blågrønne alger. Blågrønne alger kan indeholde giftstoffer, som kan være skadelige for både mennesker og dyr.